Структуру органов местного самоуправления муниципального образования Манаенское Арсеньевского района составляют:
1.Представительный орган- Собрание депутатов муниципального образования Манаенское Арсеньевского района
2.Глава муниципального образования
3. Исполнительно-распорядительный орган- Администрация муниципального образования Манаенское Арсеньевского района
Должностными лицами местного самоуправления муниципального образования являются: глава муниципального образования, заместитель председателя Собрания депутатов муниципального образования, глава администрации муниципального образования, заместитель главы администрации муниципального образования. руководители структурных подразделений администрации муниципального образования.